1. Насчет недоучек ученых атеистов - таковые появились уже после того, как философы и прочие гуманитарии, спекулируя на науке, создали материалистическую атеистическую идеологию. Дарвин исключение, да и то, он как известно отрекся от своих идей, не найдя им подтверждения. Это его родственник масон Гексли, никакого отношения к науке не имеющий, стал публиковать и рекламировать труды Дарвина.
2. Маркс изучал не естествознание, а историю естествознания и техники, написанную гуманитариями.
Гегеля он, как он сам говорил, поставил не с ног на голову, а наоборот, с головы на ноги, в том смысле, что переинтерпретировал гегелевский идеализм на материализм. Однако, Гегель сам - тот еще тип. Он в действительности не столько идеалист, сколько пантеист.
О попытках Маркса философствовать по поводу математики ходят анекдоты. Даже классические марксисты времени Каутского с сожалением отмечали по поводу математических познаний Маркса ("специалисты придерживаются другого мнения").
Да, теорию Дарвина Маркс любил, но это не наука.
Энгельс тоже не изучал естествознания, а диалектико-материалистическую интерпретацию его производил по представлениям других философов и популяризаторов.
3. Ну мы же говорим о будущем.

1. Никакая философия не сможет утвердиться среди людей, если не имеет под собой основания. Всякая идея должна быть эмпирически пережита, познана на личном опыте, чтобы ум мог ее признать истинной. Поэтому прежде чем создать философию материализма, нужно было основание для нее, каковое и дала наука, вернее превратное ее понимание теми ограниченными умами, что восприняли лишь естественное познание мира, пренебрегши познанием духовно-религиозным. Основоположники материализма Нового времени (Гольбах, Фейербах) активно изучали естественные науки, строя на них свое мировоззрение, ученые-энциклопедисты и близкие им (д Аламбер, Бюффон, Жокур, Ламетри) были материалистами, да и весь 18 век отмечен интересом прежде всего к наукам, и в первую очередь к естествознанию. Дарвин и его последователи из числа ученых, занявшие господствующее положение в биологии, нанесли второй удар по религии независимо от того, как впоследствии относились к своим идеям. Гуманитарии же занимались теми вещами, какими им положено - право, филология, философия (по преимуществу идеалистическая).

2. Гуманитарии не пишут историю естествознания, как и физики не пишут историю философии, это дилетантство и к науке отношения не имеет. А в годы жизни Маркса подход к этому был гораздо строже и основательнее, чем в наше время фоменковщины.
Гегель - идеалист, за что его и ругали, хотя его теория была близка славянофилам, например.
Как понимал Маркс математику и биологию не столь важно, важнее, на чем он основывал свои идеи, на что опирался, пусть и ошибочно. Тенденция ко всему в мире применять научный подход выделяет подобный тип материалиста.

3. Мы не знаем, что будет в будущем.