22 февраля 1917 года Император Николай II выехал из Царского Села в Могилев, где находилась Ставка Верховного Главнокомандующего. Почти два месяца находился Государь в столице, - он прибыл из Ставки к семье в Царское Село накануне Рождества, 19 декабря. На фронте в этот период наступило затишье, противоборствующие стороны готовились к весенней военной компании, которая, как предполагалось, должна была завершить эту такую тяжелую и долгую войну. Необходимости присутствия Верховного Главнокомандующего в Ставке не было, и Государь выехал в столицу, чтобы заняться делами государственного управления и провести с семьей время Рождественских праздников.

Отъезд Государя в Ставку, как свидетельствовали в своих воспоминаниях близкие к Царской Семье люди, был неожиданным. Государь планировал еще побыть в столице: заболели корью дети, что не могло не тревожить отца (он поехал в Ставку в этот раз без Цесаревича), не были, видимо, решены еще все вопросы по кадровому укреплению государственных институтов. Да и не было какой-то особенной необходимости его присутствия в Ставке, там в это время могли обойтись и без Верховного Главнокомандующего.

Однако была и другая логика - логика подготовки заговора и организации революционных беспорядков. И эта логика требовала отсутствия Царя в столице, отрыва его от органов государственного управления.

Вернувшийся раньше срока с лечения начальник штаба Ставки генерал-адъютант М.В.Алексеев и замещавший его во время отсутствия генерал В.И.Гурко вдруг стали настаивать на необходимости срочного приезда Государя в Ставку. Кто-то внушил брату Государя Великому князю Михаилу Александровичу, который недавно только был назначен генерал-инспектором кавалерии, посетить Императора и убедить его немедленно выехать в Ставку. И Государь решил ехать. Судя по всему, главным аргументом, склонившим его к необходимости срочного отъезда, были сообщения о росте недовольства в Ставке долгим отсутствием Государя.

Итак, 22 февраля Государь неожиданно для семьи и ближайшего окружения выехал на фронт. Это была среда. Шла вторая седмица Великого поста, времени особенного покаяния для всех православных христиан...

На следующий день, словно по команде, в Петрограде начались беспорядки. 23 и 24 февраля город будоражили «бабий бунт» против дороговизны хлеба и забастовки рабочих на окраинах столицы. 25 февраля беспорядки перекинулись на центральную часть города, где проходили беспрерывные митинги, на которых произносились революционные речи. В этот день произошло знаковое событие - казак (своего рода символ порядка) зарубил шашкой пристава Крылова, пытавшегося вырвать красный флаг из рук демонстрантов, что ободрило толпу.

26 февраля, в воскресенье, заканчивалась вторая неделя Великого поста, и власти надеялись на прекращение волнений. Но в этот день одна из рот запасного батальона л-гв. Павловского полка неожиданно открыла огонь по войскам, разгонявшим демонстрантов. Правда, солдат удалось разоружить.

Роковым стал следующий день 27 февраля, когда начался солдатский бунт, - восстал запасной батальон л-гв. Волынского полка, к которому присоединились другие. Начались убийства офицеров, толпа захватывала полицейские участки, было сожжено здание Окружного суда, захвачена тюрьма «Кресты». Так началась 3-я (Крестопоклонная) седмица Великого поста. В тот же день в здании Думы в Таврическом дворце возникли два самочинных революционных органа Временный комитет Государственной Думы и Совет рабочих и солдатских депутатов, который возглавили депутаты Думы от левых фракций Чхеидзе и Керенский.

Все эти дни власти столицы успокаивали Государя сообщениями, что «ситуация под контролем», вводил Царя в заблуждение и председатель Государственной Думы М.В.Родзянко, которому Император доверял. Единственным источником достоверной информации могла быть Императрица Александра Федоровна, но она не успевала полноценно следить за развитием политической ситуации из-за болезни детей.

Наконец, 27 февраля в Ставку поступили точные сведения о солдатском бунте, и Государь распорядился направить в город войска для подавления беспорядков под командованием генерал-адъютанта Н.И.Иванова. Сам Государь на следующий день 28 февраля покинул Ставку и направился на поезде в столицу. Управление армией Император оставлял на начальника штаба генерал-адъютанта М.В.Алексеева, на чью верность безусловно полагался. Как потом оказалось - напрасно, поскольку тот был тесно связан с Гучковым, готовившим заговор против Царя, и Алексеев, по меньшей мере, знал о существовании военного заговора. Именно двусмысленные действия генерала Алексеева в эти роковые дни повернули ход российской истории.

В ночь на 1 марта на станции Малая Вишера царские поезда были остановлены, поступила информация, что следующая станция - Любань - занята революционными войсками, и Государь принял решение направиться в Псков в штаб Северного фронта, куда прибыл вечером. Северным фронтом командовал активный участник военного заговора генерал-адъютант Н.В.Рузский, - Царь оказался в западне, отрезанным от внешнего мира. Именно здесь разыгралась великая драма русской истории, приведшая к отречению Императора Николая II от Престола.

Генерал Рузский фактически отрезал Государя от внешнего мира, сосредоточив в своих руках переписку и переговоры Императора и Верховного Главнокомандующего как с военными, так и с гражданскими властями. Воспользовавшись паническими телеграммами председателя Госдумы М.В.Родзянко, начальник Штаба генерал М.В.Алексеев по собственной инициативе утром 2 марта послал всем высшим военачальникам телеграмму, составленную таким образом, что им предлагалось решить что предпочесть: спасение государства и воюющей армии или сохранение у власти Императора Николая II. Уже через 4 часа были получены ответы от большинства. Почти все генералы и адмиралы высказались («коленопреклоненно», «с болью сердечной» и другими лицемерными оговорками) за отречение Государя от престола. Эти телеграммы Алексеев переслал Рузскому для предъявления Императору. Особенно болезненной для Государя была телеграмма его родственника, командующего Кавказским фронтом великого князя Николая Николаевича, не простившего Царю отстранение его от командования армией. Только два высших генерала - командир 3-го конного корпуса Ф.А.Келлер и командующий Императорской гвардией Хан Гусейн Нахичеванский - высказались против отречения и заявили о готовности выполнить свой долг верноподданных, но их телеграммы Императору не показали.

Расчет заговорщиков был верным, - Государь понял, что положение безнадежно, рассчитывать не на кого и не на что. Он дал согласие на отречение в пользу сына Цесаревича Алексея, о чем Рузский тут же сообщил в Петроград. Из столицы принимать отречение сразу же выехали депутаты Госдумы - давний враг Государя либерал А.И.Гучков и националист В.В.Шульгин, прибывшие в Псков поздно вечером. Около полуночи Государь передал «делегатам революции» акт об отречении от Престола, но в пользу своего брата Великого князя Михаила Александровича. Манифест был датирован тем временем, когда Царь принял решение об отречении - 3 часа дня.

Сейчас много говорят о подложности Манифеста, якобы Император его не подписывал. Однако если бы это было так, если бы отречение было обманом, Государь непременно дал бы знать об этом кому-то из своего ближнего окружения, весной-летом 1917 года у него такая возможность была. Скорее стоит предположить, что и незаконное отречение за своего сына и нарочито неправильное оформление акта отречения были последними средствами борьбы Николая II с заговорщиками, иных способов у него, оказавшегося в псковской ловушке, не было. Он давал сигнал всем верным подданным о том, что отречение у него вырвано, что оно незаконно. Однако никто на этот сигнал внимания не обратил, Государь понял, что у него не осталось верных подданных. Измена была кругом. В конце этого тяжелого дня он написал в своем дневнике знаменитые слова: «Кругом измена и трусость и обман».

Отречение Государя в пользу Великого князя Михаила Александровича, судя по всему, не входило в планы заговорщиков, они рассчитывали править страной от имени неопытного юноши Цесаревича Алексея. Однако и Великий князь Михаил оказался в сложном положении, в его распоряжении не было даже лояльных воинских частей, а либеральные политиканы не гарантировали ему спокойное вступление во власть. Кроме того на Великого князя было оказано серьезное психологическое давление, - когда он решал принимать ли ему власть, в Петрограде были зверски убиты два лично знакомых ему сановника (после убийства им отрезали головы). В результате Михаил Александрович 3 марта согласился подписать документ об отказе от Престола с лукавой формулировкой, что он готов принять власть, но только из рук Учредительного собрания. Таким образом, не отрекаясь от Престола формально, Михаил Александрович закрыл возможность реставрации монархии. Не случайно его Августейший брат отреагировал в своем дневнике предельно остро: «Бог знает, кто надоумил его подписать такую гадость». Предполагают, что хитроумную формулировку придумал один из лидеров кадетов В.Д.Набоков, убитый в 1922 году в Берлине офицерами-монархистами.

Вечером 3 марта Государь вернулся в Могилев, в Ставку Верховного Главнокомандующего. На следующий день сюда прибыла из Киева его мать вдовствующая Императрица Мария Федоровна, это было их последнее свидание. 7 марта, вечером, Государь написал свой последний приказ войскам, который было запрещено оглашать Временным правительством. На следующий день Государь попрощался с чинами штаба.

7 марта Временное правительство, сформированное в день отречения Царя от Престола, приняло указ об аресте Царской Семьи. В Могилев 8 марта прибыли представители Госдумы для сопровождения арестованного Царя. Когда поезд был готов к отбытию в Царское Село, Государю объявили через генерала Алексеева, что он арестован. В этот же день в Александровский дворец Царского Села прибыл назначенный революционной Думой командующим войсками Петроградского военного округа генерал Л.Г.Корнилов и объявил об аресте Императрице. До этого дня больные дети ничего не знали о происходивших трагических событиях. После ареста Государыня вынуждена была им все рассказать. На следующий день 9 марта в Царское Село прибыл Император Николай II.

Начался Царскосельский этап заточения Царской Семьи. Из прибывших с Государем представителей Свиты только гофмаршал князь В.А.Долгоруков пожелал быть рядом с Императором под арестом, остальные разбежались. Первый этап заточения только внешне выглядел не столь тягостным. На самом деле Царской семье постоянно приходилось терпеть унижение от властей и охраны. Так 21 марта в Царское Село приехал Керенский и приказал арестовать подруг Государыни, которые делили с нею тяготы ухода за больными детьми А.А. Танееву (Вырубову) и Л.А.Ден, и удалить их из Дворца. Тяжело больная А.А.Танеева была заключена в Петропавловскую крепость. А 27 марта в понедельник Страстной седмицы тот же Керенский распорядился ограничить встречи Царя и Царицы только временем еды, даже с детьми они должны были сидеть раздельно. 3 июня солдаты охраны увидели, что Цесаревич упражняется со своей игрушечной винтовкой, военную игрушку отобрали. Таких мелких унижений было множество.

Временное правительство по мере утраты доверия со стороны общества все более опасалось нахождения рядом со столицей законного Государя, поэтому в июле было принято решение выслать Царскую Семью в Тобольск. 31 июля, накануне отъезда Керенский привез в Царское Село Великого князя Михаила Александровича. В присутствии Керенского и караульного начальника братья попрощались, но поговорить при посторонних им не удалось. Это была их последняя встреча. Ранним утром 1 (14) августа, в день Крещения Руси, состав с членами Императорской семьи и сопровождавшими их лицами под вывеской «Японская миссия Красного Креста» отправился со станции Александровская близ Царского Села на восток. 4 августа поезд прибыл в Тюмень, откуда до Тобольска добрались по реке на пароходе. Вечером 6-го августа Царская Семья прибыла в Тобольск.

Начался Тобольский этап заточения. В Тобольск вместе с Царской Семьей отправились 39 человек, в том числе: генерал-адъютант граф Илья Леонидович Татищев, гофмаршал князь Василий Александрович Долгоруков, лейб-медик Евгений Сергеевич Боткин, фрейлина графиня Анастасия Васильевна Гендрикова, гоф-лектриса Екатерина Адольфовна Шнейдер, наставник Цесаревича Петр Андреевич Жильяр, дядька Наследника Климентий Григорьевич Нагорный, комнатная девушка Императрицы Анна Степановна Демидова и другие. Позднее в Тобольск прибыли еще 6 человек, но к Царской Семье были допущены только трое - учитель английского языка Сидней Иванович Гиббс, доктор Владимир Николаевич Деревенко и фрейлина Софья Карловна Буксгевден.

А в конце октября большевики, совершив новый переворот, свергли Временное правительство. Государь узнал об этом из газет только спустя две недели и записал в своем дневнике: «Тошно читать описания в газетах того, что произошло две недели тому назад в Петрограде и в Москве! Гораздо хуже и позорнее событий Смутного времени». Поначалу смена режима в Петрограде и Москве никак не отразилась на положении Царственных узников. В Тобольске не сразу была установлена советская власть, а диктатура большевиков по-настоящему там ещё не утвердилась. Правда, продолжались мелкие притеснения.

Первоначально лидеры большевиков Троцкий и Ленин предполагали устроить публичное судилище над Государем по образцу «великой» Французской революции, до Тобольска доходили слухи о скорой отправке Царской Семьи в Москву. 1 апреля 1918 года ВЦИК принял официальное решение перевести Государя в Москву для суда. Однако, видимо по инициативе Свердлова, некоторые влиятельные деятели большевиков тайно приняли решение об убийстве без суда Царя и его Семьи, для чего Царственных Узников уже 6 апреля решили перевезти в Екатеринбург. 12 апреля комиссар В.В.Яковлев (К.А.Мячин) объявил Царственным узникам, что получил приказ увезти Государя из Тобольска. Императрица, подозревая неладное, заявила, что поедет вместе с супругом. Из-за плохого самочувствия Цесаревича вместе с Царем и Царицей поехала только одна дочь - Мария. 13 апреля ранним утром Государь с Государыней простились с детьми и отправились в путь. Вместе с ними поехали также князь В.А.Долгоруков, доктор Е.С.Боткин, А.С.Демидова, Т.И.Чемодуров и И.Д.Седнев. Дорога была очень тяжёлой. 14 апреля была перепряжка в селе Покровском, на родине их невинно убиенного друга Г.Е.Распутина. «Долго стояли как раз против дома Григория и видели всю его семью, глядевшую в окна», - записал Государь в дневнике.

30 апреля утром Государь, Государыня и Великая княжна Мария прибыли в Екатеринбург. Это был вторник - Великий Вторник, шла последняя - Страстная - Седмица Великого поста. Их разместили в специально подготовленном доме, который в марте 1918 года был оформлен в собственность инженера Н.Н.Ипатьева, до того дом принадлежал купцу И.Г.Шаравьеву, а Н.Н.Ипатьев его только арендовал с 1908 года. Манипуляции с переменой собственника, видимо, были проведены с символическим умыслом - в Ипатьевском монастыре началась Династия Романовых, в подвале Ипатьевского дома должна была закончиться.

Вскоре после прибытия узников в Екатеринбург началось ужесточение режима содержания, тюремщики явно хотели деморализовать заключенных. 1 мая узникам Ипатьевского дома разрешили гулять в день только один час. На следующий день маляр закрасил окна во всех комнатах известью.

23 мая в Екатеринбург, наконец, прибыли из Тобольска царские дети.

В Ипатьевском доме со Святыми Царственными Страстотерпцами - Царем Николаем, Царицей Александрой, Царевичем Алексием, Царевнами Ольгой, Татьяной, Марией и Анастасией - были оставлены и потом приняли мученическую кончину врач Е.С.Боткин, повар И.М.Харитонов, слуги А.Е.Трупп и А.С.Демидова. Долгое время в доме оставался поваренок Л.Седнев, племянник лакея И.Д.Седнева и друг игр Цесаревича, но накануне убийства он неожиданно был удален из дома. По мнению некоторых исследователей, это служит одним из доказательств ритуального характера убийства - свершителям изуверного ритуала требовалось именно 11 жертв.

Князя В.А.Долгорукова в Екатеринбурге разлучили с Царской Семьей, он был арестован и заключен в тюрьму. Также позднее поступили с генералом И.Л.Татищевым, графиней А.В.Гендриковой, Е.А.Шнейдер и некоторыми другими сопровождавшими Царственных узников лицами. Князя Долгорукова и графа Татищева расстреляли в окрестностях Екатеринбурга 10 июля. Графиню Гендрикову и гоф-лектрису Шнейдер вывезли в Пермь, они были расстреляны 3 сентября. Анастасия Гендрикова, воины Илия (Татищев) и Василий (Долгоруков) в 1981 году Русской Зарубежной Церковью причислены к лику Новомучеников Российских. Также были расстреляны дядька Цесаревича К.Г.Нагорный и лакей И.Д.Седнев.

4 июля произошло знаковое событие - был сменен комендант Ипатьевского дома, заменили и охрану. С самого начала заточения комендантом был местный большевик А.Д.Авдеев, а охрану составляли местные рабочие-большевики. Большинство из них были революционерами со стажем, побывали на каторге, ненавидели Царя. Нравственно развращенные люди, они отпускали непристойности по адресу Великих княжон, воровали при случае личные вещи узников. Но очевидно не это послужило причиной замены охраны - большинство из прежних охранников были русскими и крещеными, а потому явно не годились для того черного дела, которое замыслили организаторы цареубийства. Именно поэтому, 4 июля новым комендантом Ипатьевского дома был назначен член коллегии местной ЧК Я.М.Юровский, а костяк охраны составили иноверцы и инородцы - евреи, латыши, австрийцы и мадьяры.

Предметом дискуссий до сих пор является вопрос - кто же принял решение об убийстве Царской Семьи. В советское время активно навязывалась версия, что это было самочинное решение руководства Уралсовета, а центральные власти были только поставлены перед фактом. Некоторые историки и публицисты и сегодня пытаются ее защищать. Однако куда более правдоподобной выглядит версия, что решение об убийстве принималось совместно и было согласовано, по крайней мере, с некоторыми руководителями большевистской партии. Ключевую роль в организации цареубийства сыграл член президиума Уралоблсовета, военный комиссар Урала Ш.И.Голощекин, который был близким другом тогдашнего главы государства председателя ВЦИК Я.М.Свердлова и «хозяина» Петрограда Г.Е.Зиновьева, с которыми он постоянно сносился по вопросу о судьбе Царственных узников. В начале июля Голощёкин выехал в Москву, видимо, для окончательного решения вопроса об организации убийства Царской Семьи. В Москве он находился с 4 по 10 июля, а 14 июля вернулся в Екатеринбург. Видимо, был поставлен в известность или даже дал согласие на убийство и лидер большевиков В.И.Ленин.

Формальное постановление о расстреле (причем, одного только Императора Николая II) было принято 16 июля 1918 года Президиумом Уральского областного Совета рабочих, крестьянских и солдатских депутатов. Оригинал его не сохранился. Но через неделю после расстрела был опубликован такой текст постановления президиума Уралсовета: «Ввиду того, что чехо-словацкие банды угрожают столице красного Урала, Екатеринбургу; ввиду того, что коронованный палач может избежать суда народа (только что обнаружен заговор белогвардейцев, имевший целью похищение всей семьи Романовых), Президиум областного комитета во исполнение воли народа, постановил: расстрелять бывшего царя Николая Романова, виновного перед народом в бесчисленных кровавых преступлениях. Постановление Президиума областного совета приведено в исполнение в ночь с 16 на 17 июля. Семья Романовых переведена из Екатеринбурга в другое, более верное место».

Итак, в ночь с 16 на 17 июля в 1.30 к Ипатьевскому дому прибыл грузовик, на котором убийцы намеревались перевезти тела мучеников к месту уничтожения. Юровский разбудил врача Е.С.Боткина и предложил ему разбудить всех узников и спуститься в подвальное помещение дома. Версия убийства нам известна со слов убийц. По их рассказам в небольшое подвальное помещение вошли 11 убийц (по числу узников), Юровский произнес фразу, что родственники пытались вас спасти, а мы, мол, «вынуждены вас расстрелять», и началась стрельба. После того как рассеялся дым, палачи добили штыками раненых (Цесаревича, Великих княжон, Демидову).

25 июля 1918 года Екатеринбург заняли части Белой армии и Чехословацкого корпуса. Военными властями сразу был начат поиск Царской Семьи. Комендант Екатеринбурга создал офицерскую команду, которой было поручено в том числе разобраться с находками крестьян в районе рудника на Ганиной яме: разгребая недавние кострища, местные крестьяне нашли обгорелые вещи, среди которых был крест с драгоценными камнями. Начальником команды офицеров был назначен капитан лейб-гвардии 2-й артиллерийской бригады Дмитрий Аполлонович Малиновский, который еще в июне прибыл в Екатеринбург из Петрограда для организации спасения Царской семьи, но сделать ничего не успел. Однако офицеры не имели опыта проведения следственных действий и сбора вещественных доказательств, и 30 июля 1918 года постановлением Екатеринбургского окружного суда для расследования обстоятельств исчезновения Царской Семьи был назначен следователь окружного суда А.П.Намёткин. Он осмотрел дом Ипатьева, допросил крестьян деревни Коптяки, побывал на Ганиной яме. 12 августа расследование было поручено вести другому члену Екатеринбургского окружного суда И.А.Сергееву, который более детально осмотрел дом Ипатьева, в том числе и полуподвальную комнату, где была расстреляна Царская семья, собрал и описал вещественные доказательства, найденные в «Доме особого назначения» и на Ганиной яме. С августа 1918 года к расследованию подключился и начальник уголовного розыска Екатеринбурга А.Ф.Кирста. Однако следствие по «горячим следам» не достигло успеха. И Наметкин, и Сергеев, и Кирста изначально сосредоточились на версиях событий, далеких от реальной.

На стене комнаты, где произошло убийство, еще следователь И.А.Сергеев обнаружил надпись: «Belsazar ward in selbiger Nacht// Von seinen Knechten umgebracht» («В эту самую ночь Валтасар был убит своими холопами»). Следователь Н.А.Соколов обратил внимание, что эта, 21-я строфа произведения поэта Г.Гейне «Валтасар», была слегка изменена и отметил: «Тот, кто сделал эту надпись, знает произведение Гейне наизусть». Он обнаружил на стене этой комнаты незамеченные ранее некие таинственные знаки, которые впоследствии русский эмигрант полковник лейб-гвардии Кавалергардского полка, египтолог и исследователь Каббалы Михаил Васильевич Скарятин, выпустивший в 1925 году под псевдонимом Энель брошюру «Жертва», расшифровал так: «Здесь, по приказу тайных сил, Царь был принесен в жертву для разрушения Государства. О сем извещаются все народы».

Соколов установил, что в период с 17 по 19 июля урочище Ганина яма было оцеплено красногвардейцами, в эти дни там слышались взрывы гранат, свидетели сообщали о передвижении грузовых и легковых автомобилей, телег и всадников в этом районе, утром 19 июля оцепление было снято, после чего крестьяне близлежащей деревни Коптяки обнаружили около одной из заброшенных шахт остатки одежды и обуви, а также «крест с зелёными камнями», опознанный как принадлежащий Императрице Александре Фёдоровне.

Соколову удалось найти два распоряжения, выписанные П.Л.Войковым, предъявленные 17 июля 1918 года в аптекарском магазине «Русское общество» с требованием выдать служащему комиссариата снабжения Зимину серную кислоту: в первом требовании пять пудов, во втором ещё три кувшина. В общей сложности Зимину было выдано 11 пудов 4 фунта серной кислоты, за которые на следующий день было уплачено 196 рублей 50 копеек. Кислота была доставлена на рудник 17 и 18 июля.

На руднике следователем были найдены следы двух больших костров. Там же были найдены десятки предметов, которые, по свидетельству уцелевших лиц из свиты, имели отношение к Царской Семье. Многие предметы обгорели, некоторые были разрушены.

Исходя из имевшихся у него материалов, Соколов сделал следующие выводы: тела убиенных были привезены на рудник под покровом темноты ранним утром 17 июля 1918 года. Одежда была грубо разрезана (обнаружены повреждения на пуговицах, крючках и петлях). Затем сами трупы были разрублены и целиком уничтожены с помощью огня и серной кислоты. При этом из тел расстрелянных вытопилось в почву сало и свинец из пуль.

Контролировавший следствие генерал М.К.Дитерихс на основании показаний некоторых свидетелей выдвинул версию о том, изуверы отрубили головы Государя и Цесаревича, которые затем Голощекин заспиртованными доставил в Москву.

После изменения ситуации на фронте 11 июля 1919 года Соколов вывез из Екатеринбурга в Харбин все акты следственного производства вместе с вещественными доказательствами. Затем в марте 1920 года он вывез все материалы из Харбина в Западную Европу.

Соколов продолжал расследование и в эмиграции, вплоть до своей скоропостижной загадочной смерти в ноябре 1924 года. Так уже в эмиграции он расшифровал телеграмму за подписью Белобородова, изъятую на екатеринбургском почтамте, содержание которой противоречило официальной на тот момент версии большевиков о расстреле якобы только одного Государя. Телеграмма гласила: «Передайте Свердлову, что все семейство постигла та же участь, что и главу. Официально семья погибнет при эвакуации».

В июне 2007 года в этом месте возобновились поиски с целью обнаружить предполагаемое место второго захоронения. В июле неподалеку от первого захоронения были обнаружены фрагменты останков двух человек, которые были переданы в Бюро судебно-медицинской экспертизы. 21 августа 2007 года Генеральная прокуратура России возобновила расследование по уголовному делу N 18/123666-93.

23 октября 1993 года по распоряжению Правительства РФ была создана Комиссия по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков императора Николая II и членов его семьи под председательством вице-премьера Правительства РФ Ю.Ярова, а с 1997 года - вице-премьера Б.Немцова. 30 января 1998 года комиссия завершила работу с выводом: «Останки, обнаруженные в Екатеринбурге, являются останками Николая II, членов его семьи и приближенных людей». Особое мнение высказал член комиссии официальный представитель Русской Православной Церкви митрополит Коломенский и Крутицкий Ювеналий (Поярков).

Русская Православная Церковь поставила перед комиссией 10 вопросов, на которые не получила исчерпывающих ответов. В результате Священный Синод принял решение «екатеринбургские останки» Царскими Мощами не признавать и предложил комиссии не торопиться с выводами. Однако 27 февраля 1998 года Правительство РФ приняло решение о захоронении «екатеринбургских останков» в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Торжественное захоронение состоялось 17 июля 1998 года с участием президента Российской Федерации Б.Ельцина, других представителей власти. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, несмотря на сильнейшее давление власти, в Санкт-Петербург не поехал. По его благословению в церемонии принимали участие священники Санкт-Петербургской епархии, которые отпевали убиенных, как жертв беззаконной расправы, имена которых «Ты, Господи, веси». Церковь до сих пор не изменила своего отношения к «екатеринбургским останкам».

На Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви, который проходил в Москве 13-16 августа 2000 года, Государь Николай Александрович, Государыня Александра Федоровна, Цесаревич Алексей и Царевны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия были прославлены в числе Новомучеников и Исповедников Российских в лике Святых Царственных Страстотерпцев.

Во время гражданской войны были замучены и убиты и другие представители Императорской Фамилии. За месяц до екатеринбургского злодеяния, в ночь с 12 на 13 июня в окрестностях Перми был убит брат Императора, формально последний правитель Царской России Великий князь Михаил Александрович. На следующий день после убиения Царской Семьи в Алапаевске были жестоко убиты - живыми сброшены в шахту - преподобномученицы Великая княгиня Елизавета Федоровна (сестра Царицы и супруга убиенного в 1905 году Великого князя Сергея Александровича) и ее келейница инокиня Марфо-Мариинской обители Варвара (Яковлева), князья Императорской крови (дети Великого князя Константина Константиновича, известного поэта К.Р.) Иоанн Константинович (имевший к тому времени сан диакона), Константин Константинович (младший) и Игорь Константинович, князь Владимир Павлович Палей (сын Великого князя Павла Александровича от морганатического брака с Ольгой Пистолькорс), а также Великий князь Сергей Михайлович вместе со своим управляющим делами Ф.С.Ремезом. В ссылке вместе с супругом Иоанном Константиновичем добровольно находилась и его супруга принцесса Сербская Елена Петровна. Она была арестована, но под давлением сербского и норвежского посольств освобождена и эмигрировала. Тела Великой княгини Елизаветы Федоровны и инокини Варвары были перевезены на Святую Землю и погребены согласно завещанию Великой княгини, которая после убийства мужа возглавляла Императорское Палестинское Православное Общество. Они прославлены Русской Православной Церковью в лике Преподобномучениц в 1992 году. Все остальные Алапаевские мученики были тайно захоронены в Пекине на территории Русской духовной миссии в Китае. Они причислены к лику святых в 1981 году Русской Православной Церковью Заграницей в числе Новомучеников и Исповедников Российских.

В январе 1919 года (по одним данным в ночь с 23 на 24, по другим в ночь с 29 на 30) в Петрограде в Петропавловской крепости были расстреляны дядя Царя-Мученика Николая II Великий князь Павел Александрович, а также Великие князья братья Георгий и Николай Михайловичи и Дмитрий Константинович.

На начало 1917 года Династия Романовых насчитывала 65 членов. В ходе репрессий 18 из них были убиты в Перми, Екатеринбурге, Алапаевске и Петрограде. Великий князь Николай Константинович при неизвестных обстоятельствах скончался в Ташкенте. Спасшиеся 47 человек оказались в изгнании за границей - во Франции, Англии, Дании и США.