Термин "секта" имеет довольно широкую трактовку.

А где они оказываются?

Где-то я уже высказывал свое отношение к обсуждаемому вопросу (о свободе вероисповедания). Правильно в этом контексте говорить именно о вероисповедании, а не о религии.
Так вот это вопрос конкретно-исторический и конкретно-политический.
Поскольку в России есть народы, традиционно проживающие на своих традиционных территориях, и они не отошли от своих традиционных национальных вероисповеданий, то ради мира в стране им должны быть разрешены эти вероисповедания, но должны быть ограничения, например, должна быть запрещена публичная проповедь таких вероисповеданий за пределами соответствующих традиционных национальных территорий.
Региональные же органы власти конечно должны как-то взаимодействовать с традиционными национальными конфессиями на соответствующих территориях.
Поскольку есть носители традиционных вероисповеданий зарубежных стран, то им должно быть дано такое право (это ради международных отношений), но вообще без права проповеди или миссионерства на территории России.
Все остальное, включая тоталитарные или иные секты, различного рода внегосударственные и вненациональные конфессии (например куча протестантских толков, никогда не связываемых с какой-либо национальной традицией), вот все такое должно быть вообще запрещено.
Православие же должно проповедоваться по всей России. И именно с русской Православной Церковью должно взаимодействовать государство как на имперском, так и на любом региональном уровне.

Все остальное, включая тоталитарные или иные секты, различного рода внегосударственные и вненациональные конфессии (например куча протестантских толков, никогда не связываемых с какой-либо национальной традицией), вот все такое должно быть вообще запрещено.
Православие же должно проповедоваться по всей России. И именно с русской Православной Церковью должно взаимодействовать государство как на имперском, так и на любом региональном уровне.

Отнюдь нет.
Секта - (от лат. secta - учение - направление, школа), религиозная группа, община, отколовшаяся от господствующей церкви.
Из этого определения видно, что секта - понятие относительное, а не абсолютное. Все зависит от того, в какой точки смотреть и что принять за изначальную истину.

В нашем гипотетическом государстве они, видимо, окажутся под запретом или в глухой изоляции.

А как должны будут преследоваться люди, которые продолжат исповедовать запрещенные виды веры? Ведь от того, что какие-то формы религии запретят, их адепты никуда не исчезнут. А надеяться на то, что они стройными рядами пойдут в РПЦ МП наивно.

Это лишь одно из определений. Есть и иные, например:

- В. Ю. Троицкий, доктор филологических наук, ведущий научный сотрудник Института мировой литературы им. А. М. Горького РАН допускает называть сектами: «…большинство новых религиозных движений выходцев из каких-либо традиционных религий (ответвлений от них), <могущих> оказывать иногда культурообразующее влияние на традиции народов, превращаясь в некие религиозные движения, отличаясь от материнской религии какими-то догматами…»
- А. Л. Дворкин, профессор ПСТГУ: «секта — это закрытая религиозная группа, противопоставляющая себя основной культурообразующей религиозной общине (или основным общинам) страны или региона»
- секта — это объединение лиц, отделившееся от какого-либо вероучения, либо возникшее на основе принятия самостоятельной доктрины или религиозно-мистического опыта отдельной личности; использующее совокупность специфических вероучительных представлений и культовой практики в качестве инструмента воздействия на людей; как правило, осуществляющее свою деятельность в противостоянии основным религиозным традициям страны.
- Секта (лат. secta — образ мыслей, образ действий, образ жизни, учение, школа, направление; также используется более нейтральный термин «культ» — англ. cult, от лат. cultus)— это вероисповедная группа, которая возникает как оппозиция по отношению к ранее утвердившимся и, как правило, господствующим религиозным направлениям.

В душу конечно никто ни к кому не влезет, но если что проявится, соответственно, в зависимости от тяжести проявления различные виды наказания. Это отдельно можно все продумать.

Нет, по принципу принадлежности к конкретным сектам или конфессиям, для которых нет никакого основания, чтобы их у нас терпеть, ни международного, ни внутригосударственного.

Ну что вам непонятно.
Наша вера истинна, она у нас должна быть государственной. Есть вероисповедания, к которым по разным причинам надо проявлять веротерпимость (о чем я подробно объяснил), а для которых нет таких причин, так зачем они нам.

Это понятно. Непонятно, по какому критерию иные вероисповедания могут быть отнесены к недостойным веротерпимости и, главное, почему.

Да уж, нечто под названием "эапц кп" в таком государстве точно не приживётся